Trung tâm Y tế huyện Văn Yên được thành lập theo Quyết định số 813/QĐ-ƯBND ngày 30/5/2018 của ƯBND tỉnh Yên Bái, Quyết định về việc tồ chức lại Trung tâm Y tế huyện, thị xã, thành phố trên cơ sở sát nhập Trung tâm dân số – Kế hoạch hóa gia đình và Trung tâm Y tế huyện, thị xã, thành phố trực thuộc Sở Y tế tỉnh Yên Bái thực hiện đa chức năng; Khám chữa bệnh, y tế dự phòng và Dân số phát triển.
Trung tâm Y tế huyện Văn Yên là cơ sở khám chữa bệnh hạng II theo phân hạng của Bộ Y tế vơi quy mô 270 giường bệnh kế hoạch và 300 giường thực kê. Bên cạnh đó còn có 20 giường bệnh điều trị nội trú tại 02 phòng khám đa khoa khu vực và 144 giường lưu tại Tram Y tế xã, thị trấn và PKĐKKV.
Toàn Trung tâm Y tế có 11 khoa và 05 phòng chuyên môn, 02 Phòng khám đa khoa khu vực lồng ghép với 02 trạm Y tế xã và 23 Trạm Y tế xã/thị trấn và các đon vị đều thực hiện 03 chức năng, trong đó khối Khám chữa bệnh có 04 phòng chuyên môn và 8 khoa lâm sàng và dược, cận lâm sàng.
